Деятельность Института ВРФШ в разных ее аспектах поддерживают такие отечественные и зарубежные фонды, церковные и светские организации как:

Российский фонд фундаментальных исследований (РФФИ),

Российский гуманитарный научный фонд (РГНФ),

Совет ректоров вузов СПб

СПб Духовная Академия и семинария

Комитет по молодежной политике Администрации СПб

Российский Государственный гуманитарный университет (Москва)

Европейский университет в Минске

Немецкий Культурный Центр им. Гете в СПб

Interdisciplinary University in Paris (UIP, France)

International Association for the Promotion of Cooperation with Scientists from the New Independent States of the Former Soviet Union (INTAS) (Belgium, EU)

East-West Cooperation Fund (Germany)

International Council of Christians and Jews (ICCJ) (Germany)

Jesus-Brotherhood, Gnadenthal (Germany)

Inter Nationes (Germany)

Center for Technology and Natural Sciences (CTNS, Germany)

Church Mission Society of the Anglican Church (Great Britain)

Europe Committee of the Netherlands Protestant Churches (the Netherlands)

Norwegian Mission to the East (Norway)

Templeton Foundation (USA)

Local Societies Initiatives/Metanexus (USA)

Сouncil for Christian Colleges & Universities (USA)

Jewish Development Fund for Russia and Ukraine (USA)

International Association for the Promotion of Christian Higher Education (IAPCHE) (USA)

Academy of Fine Arts, Paris (France)

The Free University (The Netherlands),

Oriel and All Souls College of the Oxford University (Great Britain),

Leeds University (Great Britain),

Wuppertal University (Germany),

University of Venice (Italy)

University of Greifswald (Germany),

Ruhr University in Bochum (Germany),

Georgetown University (USA),

Concordia College, MN (USA)

Dordt College (USA)